Un inventaire fait, en 1793, par ordre du Directoire du Département, contient une description très détaillée des différents établissements constituant la Saline de Montmorot.
« Les bâtiments intérieurs (de la saline) occupent un rectangle de 5 hectares 87 ares clos de murs de plus de 3 m de haut. Une porte monumentale avec ses pilastres et son fronton à corniche donne accès à une cour dans laquelle se trouve à droite le logement des portiers et à gauche des bureaux. Dans le prolongement de l’entrée et déplacé sur sa gauche se trouve les grands bâtiments des sels avec au sud la nouvelle salle de remplissage des bosses puis six chaudières avec leurs poêles et poêlons à queue groupés deux à deux et séparées par un magasin pour sel en grains et une cuisine. Un laboratoire pour potasse et sel d'Epsum et le bureau des moutiers occupent l'extrémité de l'édifice. Dans l'angle nord se trouve une fosse pour le dépôt des tuyaux et conduites avec en retour le logement du contremaître des cuites dépôts des cendres et braises. A droite de l’entrée, suivant le mur d'enceinte se succèdent des constructions dominées par la première dont le volume important renferme d'anciennes salles de remplissage des bosses et une chapelle formant avant-corps. Viennent ensuite les magasins pour fer et ustensiles, les logements des maréchaux (ferrants) du maître bossier, des charpentiers. Entre ces bâtiments et l’usine à gauche de l'entrée s’élève le logement du directeur dont la présentation intérieure et le ravissant jardin font l'admiration unanime et furent le cadre de fêtes magnifiques. Des jardins enclos occupent la périphérie du rectangle, dont le centre constitue un vaste dégagement seulement marqué par le stockage du bois. »
Louis XVI décide, par un décret du 20 juillet 1791, qu'on ne pourra employer aux salines d'autre combustible que la houille. La saline emploie alors 76 employés et ouvriers.
Après 1831 et les découvertes géologiques, l’eau salée est obtenue directement par pompage à partir de la couche de sel gemme (voir détails au niveau du chevalement de puits à saumure restauré en 2019). De nouveaux ateliers sont construits à l'angle nord-ouest dans la Saline. Un atelier d'évaporation à poêles carrés et rondes est ajouté en 1843. Les trois anciennes poêles, d'une surface de 58 m2 sont remplacées par trois autres d'une surface de 96 m2 ; douze nouvelles sont ajoutées, l'une de 160 m2, dix de 128 m2 et une de 113 m2. Ce sont des objets de grande taille – 17,50 mètres de long par 4,20 mètres de large.
Durant tout le XIXème siècle la technique de l’évaporation de l’eau salée dans des chaudières chauffées directement va rester encore relativement longtemps archaïque et entraîner une grande consommation de combustible. Les conditions de travail des sauniers sont particulièrement dures dans une atmosphère étouffante à environ 50°C de température et 80% d’humidité.
La saline produit en 1864 8.000 tonnes de sel, grâce à 4.200 tonnes de charbon. Le nombre des employés et ouvriers varie de 100 à 150.
Au XXe siècle d’importants investissements permettent la modernisation des salines
En 1909, l'évaporation est assurée par 22 poêles se présentant sous la forme de grandes cuves rectangulaires de 30 mètres de long sur 6 mètres de large et 0,60 mètre de profondeur. A chaque poêle est affectée une chaufferie à remplissage automatique. La chaleur dégagée est de l’ordre de 1800 degrés. L’eau salée est chauffée par des tubulures placées sous les poêles et parcourues par de l’air chaud provenant du foyer. Lorsque la température de la saumure atteint 85°C., la cristallisation commence. Cette technique du chauffage indirect va permettre une appréciable économie de combustible.
La production atteint en 1925 : 11.000 tonnes de sel par an.
Après 1925, un nouveau bâtiment dit atelier B est construit pour abriter un évaporateur à triple effet « Prache et Bouillon » qui permet de diminuer de 60% la consommation de charbon par rapport à la consommation d’une poêle. Les installations comptent alors 19 poêles et un évaporateur clos à triple effet.
Dans les années 30 la saline de Montmorot produit environ 15 à 20.000 tonnes de sel par an nécessitant la combustion d’environ 15.000 tonnes de charbon par an et employant une centaine d’ouvriers et ouvrières.
En 1948 un appareil à thermocompression de marque Escher Wyss utilisant l’énergie électrique, est mis en place et permet d’économiser l’énergie en utilisant la vapeur résultant de l’évaporation.
Vers 1950, la saline produit 25.000 tonnes de sel et emploie 150 ouvriers.
L'activité de la saline de Montmorot cesse définitivement en 1966, alors que l'usine emploie encore 120 personnes.
Entre 1970 et 1980, les deux ateliers est, le bassin de décantation et des logements sont rasés. Les deux ateliers construits vers 1925 et vers 1930 sont convertis en magasins de commerce. Le bâtiment des Archives départementales du Jura est construit dans l'enceinte des salines entre 1975 et 1977.