Montmorot se releva doucement de ses ruines, et au 11ème siècle son état était à nouveau florissant : la Châtellenie de Montmorot comprenait à cette époque, le Château bâti sur la montagne, le Bourg-dessus, le Bourg-dessous, Saubief, Savagna, Les Deux Messia, Macornay et Vaux S/Bornay.
La Seigneurerie de Montmorot, après avoir appartenu dans l'origine aux Rois de Bourgogne, passa aux Comptes Héréditaires de cette province, elle se partagea au commencement du 11ème siècle, dans des proportions inégales entre la branche aînée de nos Comtes, et une branche cadette, dont les membres prirent les titres de Vicomtes et de Sires de Montmorot.
Ainsi, la qualification de Vicomte, le droit de sépulture dans l'église cathédrale de St Etienne de Besançon, étaient acquises à la maison de Montmoret, dont l'immensité de ses domaines, s'étendait depuis le grandvaux, jusqu'à la rivière de Braine.
Les Comtes de Bourgogne avaient un donjon sur la montagne de Montmorot, et autour de cette forteresse, un Bourg appelé Bourg-dessus, ou Bourg-Le-Comte, les Sires de Montmoret avaient un autre Château, à côté du précédent, et un Bourg à ses pieds où était l'église, appelé le Bourg-Dessous, ou le Bourg-Le-Sire.
Le premier personnage connu de la maison de Montmoret, est Guillaume, Seigneur de Bourg-Le-Sire, qui donna au monastère de Tournus, l'église de Ste Corneille de L'Etoile, et celle de St Didier (en 1078).
Thiébert II de Montmoret fonda, en 1170, la Chartreuse de Bonlieu, et la dota de possessions considérables, qu'il tenait sous la suzeraineté de Gérard, Comte de Vienne.
Son fils aîné Pierre, Sire de Montmorot, confirma en l'an 1200, à la Chartreuse de Bonlieu, les biens qui lui avaient été donnés par son Père, et en ajouta de nouveaux, du consentement de son épouse et de ses deux fils, en présence d'Humbert, son frère, d'Ulleric de Montmoret, Albéric de Binans, et autres seigneurs. Son sceau, attaché à cet acte, le représente à cheval, son épée à la main.
Actuellement, les grilles de l'entrée de l'église de Bonlieu, portent les armoiries de Montmorot.
En 1293, Marguerite, Dame de Montmoret, Ruffey, Bletterans, Largillais, recueillit la riche succession des maisons de Montmoret et de Ruffey, mariée au seigneur de Joinville, dont elle n'eut qu'une fille, Agnés de Joinville, qui fut religieuse à Château-Chalon.
Cette dame passa, avant 1304, à de secondes noces avec Hugues de Vienne, Seigneur de Lons-Le-Saunier en partie et de Seurre. C'est ainsi que les Seigneurs de Vienne sont devenus propriétaires de cette portion du domaine de Montmorot.
D'autres branches de la maison de Montmoret ont subsisté jusqu'au 12ème siècle.
L'une d'elles eut la seigneurerie de Bornay dont elle prit le nom, d'autres eurent celles de Pélasgey, Liconas, Rotalier.